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澳大利亚研究人员对837名通过试管混合法产下的婴儿，301名通过精子注射法产下的婴儿与4000名普通婴儿进行对比发现，试管婴儿患有先天性缺陷的比例比普通婴儿高，而且，试管婴儿往往没有自然受精的婴儿聪明，患心理疾病尤其是自闭症的可能性也较大。
很多不孕不育的夫妻，求子心切，就想采用试管婴儿来完成自己的亲子梦，殊不知做试管婴儿其实并不容易。做试管婴儿的条件十分苛刻，女性35岁以后的成功率就会逐渐下降，到40岁只能达到20%左右。需要准备输卵管通畅性检查报告，排卵检查，近半年的精液常规实验室检查报告，夫妇双方乙型肝炎表面抗原抗体、e抗原抗体和核心抗体，丙肝抗体，肝功能、血型化验报告，女方血沉、结核菌素试验；血清爱滋病毒抗体。除此之外过程也是相当复杂的。
虽说试管婴儿是如今帮助不孕者怀孕的手段之一，试管婴儿终究不如自然受孕生长的婴儿健康茁壮，万物自有其道，不管科技再发达，技术再进步，遵循自然规律是我们最好的生存方式，孕育也是一样。试管婴儿其实并非绝对安全，它可产生诸多副作用：
对生育本身来讲，试管婴儿，使精子失去了优胜劣汰竞争机会，可能将带微缺失的Y染色体遗传下去。容易造成流产死胎，先天畸形等缺陷。
从成功几率上来讲，如果女性身体不具备孕育条件，即使施行试管婴儿手术成功，也可能造成流产。从经济方面来讲，做试管婴儿的费用很高，而成功率却很低。
从女性健康方面来讲，做试管婴儿对女性生理干扰较大，刺激排卵导致卵巢反应低下，易出现卵巢功能早衰，年轻女性于40岁以前闭经、卵巢不敏感综合症等，而且母体在取卵过程中需要不断的打排卵针，这严重破坏了子宫环境，直接影响成功率。
对此，专家表示：“试管婴儿，应该是在别的方法都没有怀上之后的选择，不要把试管婴儿当做‘灵丹妙药’，试管婴儿成功率并不是很高。80%的不孕不育症都是可以成功治愈的，自然生育才是最佳选择。”
道法自然，世间的万事万物的运行法则都是遵守自然规律的，生育也是一样，我们可以治疗病症，可以调养生息，可以改变生活习惯，都为了能有个健康自然的宝宝出生，而试管婴儿却从根本上改变了生育方式，且不说它好不好，只是自然的，才是最好的，不是么？更何况现在有了自然又省时的方法，为什么不选择更好的方法呢？
试管婴儿也有基因缺陷
英国发行的《医学基因》月刊刊登过一份有关人类克隆风险的研究报告，以试管方式孕育而生的婴儿，可能出现一种罕见的基因缺陷。
英国研究人员审查了146个患有贝威氏综合征婴儿的出生背景，发现其中有六名（占4%）是试管婴儿。贝威氏综合征是一种遗传现象，导致过度成长、低血糖、腹壁缺陷以及肾脏畸形。这些试管婴儿当中，有三名是在标准的试管培育方式下孕育诞生，即卵子在实验室的培养皿里受精成为胚胎；另外三名则是以“单一精子卵质内显微注射”，也就是将精子直接注射入卵子的方式培育而成。
伯明翰和剑桥大学的科学家认为，试管生育的技术干扰了受精初期的“标记”过程。一枚受精的胚胎是母亲基因和父亲基因的组合，在标记的程序下，来自父系或母系的特殊基因的活动，在胚胎发育期间沉潜缓和，因此不会出现竞争基因的冲突，使胚胎得以正常发育。
这份报告的作者之一、剑桥大学布拉巴罕学院研究人员莱克表示：“基因本身未必会有差异，但标记控制了基因的活动。如果标记的过程出错、失控，便会导致异常成长。我们认为试管受精和单一精子卵质内显微注射的方式，在卵子受精的当下干扰了标记，因而增加发生贝威氏综合征的概率。”
这项研究还针对标新立异的科学家竞相制造全球第一个克隆人的行动，表达了关切担忧之意。主流科学家不断大声疾呼反对克隆人类，指出无数动物实验的失败证明了这项技术并不成熟。这些实验结果不是流产，便是产下的克隆动物早早夭折或出现可怕的缺陷。
造成这些现象的原因目前尚不清楚，但科学家猜测克隆技术也干扰了标记程序，而且由于胚胎发育发生异常，便自然流胎，这是自然界让动物产下健康后代的安全保证。
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